Thermo Fisher Scientific（賽默飛世爾科技）的 VeritiPro 96 孔梯度PCR儀是一款高性能的熱循環(huán)儀，它本身不檢測熒光，因此它不直接限定使用哪種染料。其核心功能是提供精確的溫度控制和梯度PCR功能。在VeritiPro 96上進(jìn)行的實驗，所使用的染料取決于實驗的目的和檢測方法。以下是搭配該儀器常用的幾種染料類型及其對應(yīng)的實驗：

一、賽默飛VeritiPro96終點法PCR（常規(guī)PCR）常用染料

1、溴化乙錠：傳統(tǒng)染料，但因其強致癌性，現(xiàn)在實驗室已較少使用。

2、SYBR Safe DNA 凝膠染料：賽默飛自家的明星產(chǎn)品，安全性高，熒光信號強，是常用的替代品。其激發(fā)和發(fā)射波長與EB相近，可用同樣的凝膠成像系統(tǒng)觀察。

3、GelRed / GelGreen：其他品牌的常用安全型核酸凝膠染料。

4、簡單的DNA結(jié)合染料：如在PCR預(yù)混液中常添加的SYBR Green I（但注意，這里添加是為了終點檢測，而非qPCR的實時監(jiān)測）。

二、實時熒光定量PCR（qPCR）常用染料/探針

當(dāng)VeritiPro 96用于配制qPCR反應(yīng)體系，然后轉(zhuǎn)移到實時熒光定量PCR儀（如賽默飛的QuantStudio系列）上運行時，會用到以下染料：

1、SYBR Green I：常用的DNA結(jié)合染料。它特異性結(jié)合雙鏈DNA，在每次擴增循環(huán)后測量熒光，用于定量和熔解曲線分析。優(yōu)點是成本低、使用簡便；缺點是對非特異性產(chǎn)物和引物二聚體也會產(chǎn)生信號。

2、TaqMan 探針：基于FRET原理的水解探針。它帶有一個報告熒光基團和一個淬滅基團，特異性高，適用于多重檢測和SNP分型等。賽默飛擁有大量成熟的TaqMan探針 assays。

3、其他探針：如分子信標(biāo)、Scorpions探針等，也用于特定的qPCR實驗，原理與TaqMan類似，但結(jié)構(gòu)不同。

三、高分辨率熔解曲線分析（HRM）常用染料

如果實驗后續(xù)需要進(jìn)行HRM分析以進(jìn)行基因分型、突變掃描等，需要使用專用的飽和染料。

1、EvaGreen：常用的HRM染料之一。它是一種飽和染料，在DNA熔解過程中不會發(fā)生重排，能產(chǎn)生高精度的熔解曲線。

2、SYTO 9 等：其他類型的飽和DNA結(jié)合染料，也適用于HRM分析。

四、重要總結(jié)與注意事項

1、儀器角色：VeritiPro 96是熱循環(huán)儀，負(fù)責(zé)“變溫-擴增"。它不負(fù)責(zé)“讀熒光"。因此，染料選擇取決于你的下游檢測平臺（凝膠成像系統(tǒng) or qPCR儀）和實驗?zāi)康模ǔＲ?guī)克隆、定量、基因分型等）。

2、兼容性：

對于終點PCR：只需確保染料與你的凝膠成像系統(tǒng)的光源和濾光片匹配（SYBR Safe 通常兼容EB的設(shè)定）。

對于qPCR：必須確保你選擇的染料/探針（如SYBR Green或FAM/TAMRA標(biāo)記的TaqMan探針）與你的實時熒光定量PCR儀的光學(xué)系統(tǒng)兼容。VeritiPro 96不參與此環(huán)節(jié)。

3、預(yù)混液：大多數(shù)現(xiàn)代實驗室使用商業(yè)化的PCR或qPCR預(yù)混液，這些預(yù)混液通常已經(jīng)優(yōu)化并包含了合適的DNA聚合酶、dNTPs、緩沖液以及染料（如SYBR Green I for qPCR）。你只需要加入模板、引物和水即可。賽默飛的 PowerUp SYBR Green Master Mix 和 TaqMan Fast Advanced Master Mix 就是非常常見的例子。

4、梯度功能與染料：VeritiPro 96的梯度功能主要用于優(yōu)化退火溫度。這在建立新的終點法PCR或qPCR實驗時非常有用。染料的選擇不影響梯度功能的使用，但優(yōu)化后的反應(yīng)條件會使染料的信號更特異、更清晰。

五、結(jié)論：

在VeritiPro 96梯度PCR儀上常“使用"的染料，實際上是與你實驗流程相匹配的染料：

1、日常克隆、鑒定：SYBR Safe（跑膠用）。

2、實時定量PCR（qPCR）：SYBR Green I 或 TaqMan 探針（在專用的qPCR儀上檢測）。

3、高分辨率熔解分析：EvaGreen 等飽和染料。